A principal medida terapêutica na alergia ao leite de vaca é evitar totalmente a sua ingestão e a de seus derivados. As manifestações clínicas melhoram após a retirada do leite da dieta. A eliminação do antígeno, além de aliviar os sintomas, preserva a função da barreira intestinal e reverte os distúrbios da imunidade celular e humoral, prevenindo a absorção de outros antígenos estranhos, além da proteína do leite da vaca.
No caso de lactentes alimentados com leite humano, a proteína do leite de vaca deve ser excluída da dieta materna e o aleitamento natural mantido da forma mais prolongada possível.
A substituição das fórmulas contendo proteína de leite de vaca pelas fórmulas com base na proteína isolada da soja é freqüentemente utilizada. No entanto, a criança também poderá apresentar alergia de freqüência variável a esta proteína. Da mesma forma, os leites de cabra e de ovelha não são adequados para crianças alérgicas ao leite de vaca, devido ao risco de reação cruzada.
Nesta situação, o uso dos hidrolisados protéicos ou dietas semi-elementares poderá estar indicado pelo fato de que o processo de hidrólise das proteínas diminui sua alergenicidade, sendo os epítopos alergênicos degradados durante este processo (epítopo é o sítio de ligação específico do antígeno que é reconhecido por um anticorpo ou por um receptor de superfície de linfócito T).As fórmulas à base de aminoácidos (elementares), não são desenvolvidas a partir da hidrólise de uma proteína, mas a partir da mistura de aminoácidos sintéticos, sendo estas fórmulas consideradas "não-alérgicas". As fórmulas elementares estão reservadas para uso em um subgrupo de pacientes altamente alérgicos que não toleram os hidrolisados. Estes pacientes apresentam extenso eczema atópico, manifestações gastrintestinais graves e podem ter múltiplas intolerâncias alimentares e, conseqüentemente, necessitam regimes dietéticos altamente restritivos
Recomenda-se que lactentes com alergia ao leite de vaca recebam hidrolisados protéicos pelo menos até os 18 meses de vida, quando então a criança poderá ter desenvolvido tolerância à proteína alergênica.